وزیر پیشنهادی علوم تحقیقات و فناوری برنامه‌های خود برای تصدی این وزارتخانه را در اختیار نمایندگان مجلس قرار داد.

نمایندگان به اعتبار فقدان صلاحیت‌های مدیریتی و سیاسی نیلی احمدآبادی معتقدند وی اعتماد مجلس برای تصدی وزارت علوم را کسب نمی‌کند.

رئیس جمهور با بیان اینکه ادعای دستگرمی بودن نیلی احمدآبادی دروغ است، گفت: این دولت اهل لجبازی نیست و دربرابر تصمیم مجلس برای سوال از وزرا و برای استیضاح وزرا، به رای نمایندگان مجلس شورای اسلامی طبق قانون اساسی احترام می‌گذارد.

مسئول بسیج دانشجویی دانشگاه تهران با انتقاد از گزینه پیشنهادی رئیس‌جمهور برای وزارت علوم، گفت: در دوره مدیریت نیلی در دانشکده فنی یک اردوی مختلط ترکیه برگزار شد که تبعات آن تا مدت‌ها بر پردیس دانشگاه تهران حاکم بود.

نمایندگان مجلس می‌گویند نیلی احمدآبادی صلاحیت تصدی وزارت علوم را به لحاظ ویژگی‌های اجرایی و سیاسی ندارد. برخی از نمایندگان در عین حال معتقدند دولت با علم به رأی نیاوردن نیلی او را معرفی کرده است.