طبق مصوبه بانک مرکزی، تمام اقساط برگشتی از وام مسکن مهر باید در اختیار مسکن مهر قرار گیرد و بعد از آن صرف سایر طرح‌های دولت شود؛ در حال حاضر، با وجود بازگشت حدود 16 هزار میلیارد تومان از اقساط مربوطه، تأمین مالی مسکن مهر کماکان با مشکل مواجه هست.