یکی از شبهاتی که سعی می‌شود از سوی جریان فتنه در ماجرای حصر سران فتنه توسط ایشان مطرح شود این است که رفتار نظام سیاسی جمهوری اسلامی با مخالفان خود در زمان امام راحل عظیم‌الشأن، متفاوت از دوران امام خامنه‌ای (مدظله‌العالی) است