آیت‌الله مکارم شیرازی با اشاره به لزوم حفظ استقلال حوزه‌های علمیه برادران و خواهران، اظهار کرد: وابستگی به دولت‌ها مشکلات زیادی برای حوزه‌ها ایجاد می‌کند. باید سعی شود تا حوزه‌ها روی پای خودشان بایستند و خودکفا شوند. البته این کار یک شبه انجام نمی‌شود و احتیاج به برنامه‌ریزی و زمان دارد که ان شاء الله مسئولین محترم حوزه به فکر آن خواهند بود

قبل‌ از تصویب‌ «لایحه‌ی‌ قانونی‌ انجمن‌های‌ ایالتی‌ و ولایتی‌»، علی‌ امینی‌ در دوران‌ نخست‌وزیری‌ خود در سال‌ ۱۳۴۱ یک‌بار به‌ قم‌ آمد و با برخی‌ از مراجع‌ ملاقات‌ کرد. در میان‌ طلبه‌ها این‌ طور شایع‌ شده‌ بود که‌ امینی‌ فردی‌ نسبتاً مستقل‌ و ملی‌ و علاقه‌مند به‌ کشور است‌ و زیر بار برخی‌ از مسائلی‌ که‌ شاه‌ می‌خواهد به‌ او تحمیل‌ کند، نمی‌رود.

رژیم‌ شاه‌، بعد از فوت‌ مرحوم‌ آیت‌الله بروجردی‌، تلگرام‌ تسلیت‌ را به‌ آیت‌الله حکیم‌ مخابره‌ کرد. تلاش‌ رژیم‌ در آن‌ زمان‌ این‌ بود که‌ مرجعیت‌ به‌ نجف‌ منتقل‌ شود. وارد حوزه‌ علمیه‌ی‌ قم‌ شدم‌. فضای‌ حوزه‌ در آن‌ هنگام‌، فضای‌ خاصی‌ بود.

یکی از نزدیکان آیت‌الله بروجردی می‌گفتند: هرگز غذای خصوصی برای ایشان تهیه نمی‌شد و امر می‌فرمود برای تمام اهل منزل و خدمتکاران یک نوع غذا ترتیب دهند، خدمتکارانش بر سر همان سفره‌ای که ایشان غذا تناول می‌کردند، می‌نشستند.